Er zijn veel combinaties van start- en landingsbanen mogelijk. De baaninzet hangt af van bijvoorbeeld de weersomstandigheden en baanbeschikbaarheid. Het kan voorkomen dat er verschillende baancombinaties mogelijk zijn, bijvoorbeeld bij goed zicht en weinig wind. Welke banen dan worden ingezet, is afhankelijk van de preferentievolgorde. Dit is een lijst met baancombinaties die LVNL aanhoudt onder verschillende omstandigheden en die is vastgelegd in het Nieuw Normen- en Handhavingsstelsel Schiphol (NNHS) en samen met de omgeving is overenegekomen. De Polderbaan en Kaagbaan staan bovenaan deze preferentielijst.